Η προθεσμία παραγραφής για τον καταλογισμό οφειλόμενων τελών χαρτοσήμου εκκινεί από το τέλος του έτους εντός του οποίου επήλθε το ληξιπρόθεσμο της οφειλής.
Εν προκειμένω η φορολογική αρχή καταλόγισε τέλη χαρτοσήμου και εισφορά υπέρ ΟΓΑ σε εταιρία λόγω δανειακής σύμβασης με συνδεδεμένη εταιρία. Αρχικά το Διοικητικό Εφετείο και στη συνέχεια το Συμβούλιο της Επικρατείας έκριναν ότι το δικαίωμα βεβαίωσης του Δημοσίου, είχε παραγραφεί. Το ΣτΕ επιβεβαίωσε ότι, βάσει της αρχής της αναλογικότητας, για τις αξιώσεις του Δημοσίου σχετικά με τα τέλη χαρτοσήμου εφαρμόζεται κατ'αρχήν η πενταετής παραγραφή, όπως ισχύει στη φορολογία εισοδήματος, και όχι η εικοσαετής του Αστικού Κώδικα. Το ΣτΕ δέχθηκε ότι η παραγραφή αρχίζει από το τέλος του έτους κατά το οποίο γεννήθηκε η οφειλή και όχι από την ημερομηνία εγγραφής των σχετικών λογιστικών πράξεων. Η οφειλή προέκυψε το 2011 και η πενταετής προθεσμία έληξε στο τέλος του 2016, επομένως ο καταλογισμός που πραγματοποιήθηκε το 2017 θεωρήθηκε εκπρόθεσμος και η προσφυγή του Δημοσίου απορρίφθηκε. (ΣτΕ 67/2023).
Ως γενικά έξοδα διαχείρισης λογίζονται οι παραγωγικές δαπάνες της επιχείρησης για τις οποίες προβλέπεται η έκπτωση από τα ακαθάριστα έσοδα εφόσον είναι βέβαιες και εκκαθαρισμένες άσχετα από τον χρόνο της εξόφλησής τους.
Πιο συγκεκριμένα, το ΣτΕ έκρινε επί του προϊσχύοντος Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος, ότι οι παραγωγικές δαπάνες δεν θα πρέπει να έχουν καταβληθεί κατά τον χρόνο διενέργειας του φορολογικού ελέγχου και τυχόν έκδοσης φύλλου ελέγχου φόρου εισοδήματος, προκειμένου να αφαιρεθούν από τα ακαθάριστα έσοδα του φορολογούμενου. Μάλιστα, η Ελεγκτική Αρχή τόνισε ότι η έκπτωση της σχετικής δαπάνης είναι μη νόμιμη, ιδίως όταν ο έλεγχος αυτός λαμβάνει χώρα πολλά έτη μετά την ελεγχόμενη χρήση. Το ΣτΕ υπενθύμισε ότι όταν η Φορολογική Αρχή αρνείται την έκπτωση δαπάνης, λόγω έλλειψης ορισμένης προϋπόθεσης, η διαφορά περιορίζεται στην διάγνωση της ύπαρξης ή μη της εν λόγω προϋπόθεσης. Περαιτέρω, σε περίπτωση που κριθεί στο πλαίσιο της σχετικής δίκης, ότι συντρέχει η εν λόγω προϋπόθεση, το δικαστήριο οφείλει να αναγνωρίσει την έκπτωση της δαπάνης, χωρίς να κρίνει επί των λοιπών τυχόν προϋποθέσεων που απαιτούνται μεν από τον νόμο για την έκπτωση, αλλά που δεν απετέλεσαν αντικείμενο αμφισβήτησης (ΣτΕ 1919/2023).